Το Τμήμα Μπάσκετ της Α.Ε. Κοζάνης ιδρύθηκε το 2002 και μετά από 17 χρόνια, τον Ιούνιο 2019 συγχωνεύτηκε/απορροφήθηκε από το Α.Σ. Διόσκουροι Κοζάνης.
Στην 17χρονη ιστορία της η ανδρική ομάδα της Α.Ε. Κοζάνης αγωνίστηκε κυρίως στην Α’ Κατηγορία Ε.ΚΑ.Σ.ΔΥ.Μ με λίγες σαιζόν στην Β’ Κατηγορία.
H Ακαδημία Μπάσκετ της Α.Ε. Κοζάνης κέρδισε τους παρακάτω τίτλους:
- 2 φορές Πρωταθλήτρια Εφήβων Ε. ΚΑ .Σ. Δυτικής Μακεδονίας (2010-11 και 2011-12)
- 3 φορές Πρωταθλήτρια Παίδων Ε. ΚΑ .Σ. Δυτικής Μακεδονίας (2007-08, 2008-09 και 2009-10)
- 2 φορές Πρωταθλήτρια Παμπαίδων Ε. ΚΑ .Σ. Δυτικής Μακεδονίας (2009-10 και 2012-13)